へきさんほど詳しくは無いのですが･･･。
基本的には、待遇と実際に支払う金額とは比例します。安いツアー利用
では部屋もそれなりですし、リクエストも不可かまたは通り難くなり
ます。直接予約ですと、リクエストは通り易いですし、部屋の空きの
ある限りでは、上ランクの部屋にグレードアップして貰える確率も
高くなります。

ナビさん予約での価格は、ツアー以外でのホテル単独予約としては、
平均より安い価格だと思います。そして私の経験内ですと、ホテル側
対応も悪くありません。リクエストも通り易いように感じています。
しかし同時期に、よりホテル側収益に貢献する直接予約の方の希望と
ブッキングすれば、そちらが優先されるのは致し方ありません。

私の韓国旅行では、中級ホテルはナビさん経由で予約する事が多いです。
格安旅館・モーテルの場合は現地で自身で探しますし、高級ホテルの
場合は、直接予約しています。高級ホテルを予定する場合は、「少し
でも安く」では無く「少しでも快適に」に主眼を置いています。
JWマリオットでは、直接予約で、グレードアップして頂きました。
昨夏の済州新羅では、良い部屋を確実に指定したく、やはりナビさん
を通さず予約しています。同じ海側に「オーシャンビュー」と「ガー
デンビュー」の部屋があります。「ガーデン〜」は低層階で部屋から
海が見えません。到着翌朝、割高な価格を払った事も忘れて、部屋から
の絶景を堪能しました。

一般的には、ナビさん予約でも、リクエストは通り易いと思います。
ただやはり、絶対の保障は無いのかも知れません。